Segera setelah lahir, ketika bayi ditutupi oleh mekonium, lemas dan tidak bernafas, sebaiknya dokter segera mungkin mengisap mulut, hidung dan tenggorokan untuk menghisap adanya mekonium yang terdapat pada saluran pernapasan.
Dokter kemudian menempatkan alat tabung pernafasan dibawah tenggorokan (trachea) untuk menyedot adanya sisa mekonium yang masih tertinggal.
Bayi dengan sindrom aspirasi mekonium biasanya sangat membutuhkan bantuan oksigen tambahan (resutisasi), dan juga dapat membantu untuk bernapas dengan ventilator.
Para bayi ditempatkan di ventilator harus dengan hati-hati dan sering dipantau dalam kasus ini mengalami komplikasi serius, seperti infeksi paru-paru atau hipertensi pulmonal persisten. Antibiotik mungkin diperlukan ketika ada risiko infeksi.
Sebagian besar bayi dengan mekonium sindrom aspirasi bertahan hidup. Namun, jika gangguan ini sanga berat atau terlambat diatasi dapat menyebabkan kematian.